Vanaf de jaren 1990 werd een integrale restauratie van het exterieur van de kerk (gevels, daken en ramen) voorbereid. In 1999 werd gestart met de werken aan het dak. De werken ter hoogte van de zuidelijke dwarsbeuk werden in 2013 stilgelegd. De kerk wacht sindsdien op een voltooiing van de buitenrestauratie.
In november 2020 werd een meerjarenpremie-overeenkomst voor de restauratie van de Sint-Gummarussite afgesloten met de Vlaamse Regering. De Sint-Gummaruskerk en -toren en het Heilige Geest-godshuis vormen samen met de Sint-Pieterskapel de ‘Sint-Gummarussite’. Voor de restauratie van de Sint-Gummaruskerk en het Heilige Geest-godshuis ontvangt de stad een erfgoedpremie gespreid over vier jaar.
Timing
Dankzij deze premie konden de restauratiewerken in augustus 2021 van start gaan met een vooronderzoek. De eigenlijke restauratie start in april 2023 met de installatie van verwarmingsconvectoren onder de vloer en verloopt in verschillende fases. In 2029 zullen de volledige buitenzijde van de kerk, het gehele interieur en haar belangrijkste cultuurgoederen en de glasramen gerestaureerd zijn. De kerk blijft tijdens de volledige werfperiode gedeeltelijk toegankelijk voor bezoekers, maar de erediensten zullen tijdelijk in de andere Lierse kerken plaatsvinden.
- Fase 1: materiaaltechnisch en bouwpathologisch vooronderzoek (indienen erfgoedpremiedossier: 2021- uitvoering werken: 2021-2022)
- Fase 2: technieken en restauratie oostzijde kerkgebouw exterieur en interieur (indienen erfgoedpremiedossier: 2022 – uitvoeren werken: 2023-2026)
- Fase 3: restauratie westzijde kerkgebouw exterieur en interieur (indienen erfgoedpremiedossier: 2023 – uitvoeren werken: 2026-2029)
- Fase 4: ontsluitingswerken aan de kerk en de toren (uitvoeren werken: 2028-2029)